公司辞退因病入院员工的赔偿处理，还可能受以下特殊情况影响：
1、试用期员工医疗期内被辞退：根据《劳动合同法》第二十一条，试用期内用人单位仅可因《劳动合同法》第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形解除合同。若员工处于试用期且病情符合“医疗期满后不能从事原工作或另行安排的工作”（第四十条第一项），公司可解除合同并支付经济补偿金；若病情未达此程度，辞退则违法，试用期身份会影响解除合法性及赔偿责任。
2、员工存在严重违规行为：若患病员工在医疗期内有严重违反规章制度行为（如伪造医疗证明、医疗期内从事竞争工作等），根据《劳动合同法》第三十九条第二项，公司可单方解除合同且无需支付经济补偿或赔偿金，违规行为会使辞退合法化。
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公司辞退因病入院员工的赔偿依据主要来自《中华人民共和国劳动合同法》（2012年修正版）：
第四十条规定：“劳动者患病或非因工负伤，医疗期满后不能从事原工作，也不能从事另行安排的工作的，用人单位提前三十日书面通知或额外支付一个月工资后，可解除合同。”第四十六条明确此类情形需支付经济补偿。
实践中，若员工医疗期满且无法胜任原工作或另行安排的工作，公司按上述规定解除合同需支付经济补偿金；若员工仍在医疗期内或医疗期满但能工作，公司解除合同则违法，根据第八十七条，需按经济补偿标准二倍支付赔偿金。因此，公司需根据医疗期状况及解除理由依法支付相应补偿或赔偿。
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公司辞退因病入院员工时，员工可能面临以下法律风险：
1、公司拒付赔偿金：员工医疗期满后，公司未提供书面岗位调整通知却以“无法胜任工作”为由辞退，若员工无法证明公司未履行另行安排工作义务（如无书面通知、无沟通记录），可能无法获得赔偿金。
2、公司否认辞退或主张自愿离职：公司仅口头告知员工不用上班，员工若无录音、聊天记录等证据证明辞退事实，可能被认定为自愿离职，无法主张经济补偿或赔偿金。
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公司辞退因病入院员工的赔偿需结合医疗期、工作年限等综合判断：
一般而言，公司辞退需支付经济补偿金；违法辞退则需支付赔偿金（经济补偿金二倍）。
1. 医疗期内直接辞退：属违法解除，按经济补偿金标准二倍支付赔偿金。经济补偿金按工作年限计算（每满一年一个月工资，六个月以上不满一年按一年算，不满六个月半个月工资）。
2. 医疗期满后无法胜任工作：公司提前三十日书面通知或额外支付一个月工资后解除合同，需支付经济补偿金。
3. 医疗期满后能胜任工作：公司无合法理由辞退，属违法解除，应支付赔偿金。

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